２３日午前１０時ごろ、東京都千代田区九段北の靖国神社敷地内の公衆トイレで「爆発音があり、煙が出ている」と１１０番があった。警視庁によると、男性用個室の床に複数の電池が散乱し、ケースに焼けたような跡があった。リード線の付いた金属パイプのようなものも見つかったが、爆発した形跡はなく、爆発音の原因は不明という。けが人はいなかった。
同庁公安部は、不審物の構造などが過去の過激派によるゲリラ事件とは異なるとみており、今後、回収したパイプの中身などを分析する。爆発音の少し前、トイレ付近で紙袋を持った男が防犯カメラに写っており、慎重に関連を調べる。
警視庁によると、公衆トイレの男性用個室には、床に単１と単３の電池と電池ケース、デジタルタイマーのようなものなど時限式の起爆装置とみられるものが落ちていた。天井には約３０センチ四方の人為的に開けられたような穴があり、天井裏からパイプ（直径約３センチ、長さ約２０センチ）が４本束ねられた状態で見つかった。両端を密閉され、リード線が付いていた。
同庁の爆発物処理班が出動し、不審物を回収。他に危険物がないか、警備犬も使い捜索した。
靖国神社によると、この日は午前６時に全ての門を開門。収穫を祝う新嘗祭が始まる直前の午前１０時ごろ爆発音がした。新嘗祭は予定通り行われたが、予約以外の昇殿参拝は取りやめた。現場の公衆トイレは、職員が１日に数回見回りしているという。