日本との戦争最終局面の１９４５年６月、当時中国を統治した中華民国・国民政府が作成した日本人戦犯リストのトップに「日皇裕仁」（昭和天皇）が掲げられたが、終戦直後の９月のリストからは消えていたことが分かった。蒋介石主席の意向で決まったもので、連合国・米国に追随する方針のほか、共産主義の拡大防止という背景があった。米スタンフォード大学に保管される「蒋介石日記」でも同年１０月下旬、「日本戦争犯罪人を既に裁定した」と記されており、終戦後の早い段階で「天皇免訴」が決定していた。
時事通信が中華民国の外交文書を公開する台湾の「国史館」や国民党史料を所蔵した「党史館」で入手した複数の戦犯リストや内部文書のほか、「蒋介石日記」の記述で判明した。
国民政府は終戦前から、戦犯リスト策定に着手しており、４５年６月に軍令部が「侵戦（侵略戦争）以来敵国主要罪犯（犯罪人）調査票」を作成。戦犯トップに「陸海空軍大元帥」として「日皇裕仁」を掲げ、「侵略戦争の主犯・元凶」と明記した。日本の軍国主義による侵略の根源が天皇にあるとの見方は中国で根強く、議会に相当する民意機関「国民参政会」も７月１７日、「天皇を戦争犯罪人に指名する」決議を可決した。
これに対して蒋介石は「日記」で９月２１日、「当面の急務」として「戦争犯罪人（決定）」を挙げ、１０月８日には「外交急務」として「日本軍戦争犯罪人の決定」と記した。同月１４日に東条英機（元首相）ら１２人を「特務工作の悪事を尽くした」として戦犯指定した。「日記」からは蒋介石の意向が選定に反映されていたことが分かり、９月の戦犯リストから天皇の名前は除外されていた。
蒋介石が「戦争犯罪人決定」を「急務」とした１０月８日、国民参政会の決議に対し、戦犯問題を調査した司法行政部と外交部は天皇の戦犯認定について「蒋主席とトルーマン米大統領が、日皇の運命は日本の民意が自ら選択すべきであると共に表明した」と否定的な方向に傾いた。また当初、天皇を戦犯リストに掲げた軍令部は「皇室は将来的に日本の侵略国策を復活させる源泉だ」としつつ、「同盟国（連合国）によるポツダム宣言の円滑な命令執行と、共産主義勢力拡大の防止」のため、天皇免訴が必要だと方向転換した。
最終的には蒋介石の統括する国防最高委員会が４５年１２月２８日、「日本問題処理の意見書」を決定。「同盟国の誤解と日本人の反感を回避」するため、「天皇と天皇制存廃の問題は、原則として同盟国の共同意見に従い処理する」との方針を確定した。
蒋介石政権は４６年５月からの極東国際軍事裁判（東京裁判）に向け、東条ら計３２人の戦犯リストを２回に分けて連合国軍総司令部（ＧＨＱ）に提出した。