１６日未明に相次いだ激しい揺れで熊本、大分両県では土砂崩れが多数発生し、各地で高速道路や鉄道が寸断された。被害の把握に着手したばかりで、交通網復旧の見通しは立っていない。開通に時間がかかれば人の移動や物流が滞り、捜索救助や復旧作業の足かせとなりかねない。
国土交通省によると、両県では１４〜１６日の地震で、少なくとも５１件の土砂崩れが確認された。熊本県南阿蘇村では大規模な斜面崩落により、両県をつなぐ主要路線の国道５７号とＪＲ豊肥線の線路が流出。熊本市から同村へは大きく遠回りして移動せざるを得ない。
豊肥線では他にも土砂流入や軌道の沈下が見つかっており、ＪＲ九州では１７日、同線を含む４路線が運休した。九州新幹線も、脱線した車両の撤去は１８日にも始まる予定だが、駅や保守基地の破損やレールのゆがみなども新たに見つかった。
九州自動車道の被害も深刻だ。熊本県甲佐町では、上を走っていた片側１車線の県道が約６０メートルにわたり崩落。上下線をふさいでおり、細かく砕いて運び出す必要がある。他にも路面陥没や路肩の崩落、橋のずれなどが多数見つかっている。
大分自動車道は大分県由布市で、道路脇ののり面が崩れて上下線約１００メートルが土砂で埋まった。重機を使った復旧作業が始まったばかりだ。